Esto pasa por que tu USB esta infectada, ya que la colocaste en un ordenador el cual te paso este virus, y cada que le das doble click estas dando paso a que tu ordenador haga esto mismo con otras usb.
Pero no te preocupes, tus archivos están ahí, lo que tienes es hacer es abrir CMD como administrador luego colocar la letra de tu USB ejemplo: "E:" y le das enter, y después vas a pegar el siguiente comando.
Attrib /d /s -r -h -s *.*
Esto te mostrara de nuevo tus archivos, los cuales te recomiendo los muevas a otra unidad y antes de darle uso a tu USB la formateas para quitar el virus.
Después del formateo podrás usarla con normalidad
Suerte!!